Pero la acción de las iglesias ecuménicas durante la guerra de Kosovo no se limitó al envío de ayuda humanitaria, señalaron los funcionarios del área de Relaciones Internacionales del CMI en una rueda de prensa en el marco de la reunión del Comité Central, en Ginebra, del 26 de agosto al 3 de setiembre. Ya en octubre de 1998 el CMI y el Consejo de Iglesias de Europa (CIE) comenzaron a actuar en relación con las iglesias en Kosovo ante el deterioro de la situación política en ese país y en abril de 1999, en pleno bombardeo de la Organización del Atlántico Norte (OTAN) estas organizaciones enviaron una primer delegación ecuménica con participación también de la Federación Luterana Mundial, que visitó a las iglesias en la Federación Yugoslava. En esa oportunidad la delegación dió a conocer un informe sobre "La doble tragedia de Yugoslavia", con un llamado a la OTAN para que ponga fin a los bombardeos.

Otra visita conjunta de estas entidades ecuménicas se dirigió en mayo a las iglesias de Albania y de Macedonia, para apoyar la tarea con los refugiados, mientras que a fines de junio, una vez terminados los bombardeos, se realizó una visita ecuménica a Kosovo, con el fin de apoyar los esfuerzos de paz y la construcción de una atmósfera que respete el pluralismo y la diversidad étnica y cultural en ese país. También en mayo se realizó una consulta ecuménica internacional en Hungría, con 40 delegados de iglesias de Europa, incluyendo Yugoslavia, Estados Unidos y Canadá. La consulta tuvo como objetivo lograr una respuesta en común a la crisis de los Balcanes. En este proceso las entidades ecuménicas contaron con la colaboración del Grupo Internacional por los Derechos de las Minorías que realizó una investigación, que fue cofinanciada por el CMI, sobre el tema "Minorías en el Sudeste de Europa: Inclusión y Exclusión".

La ayuda ecuménica a los refugiados kosovares en Albania fue canalizada a través de la Iglesia Ortodoxa Autocéfala de Albania, que preside el arzobispo Atanasios, miembro del Comité Central del CMI. Atanasios, quien es considerado un obispo de línea moderada y abierta dentro del mundo ortodoxo, organizó a sus fieles para prestar ayuda a estos refugiados, en su mayoría musulmanes. En Albania, el 64% de la población es de religión musulmana, el 25% ortodoxa y el 11% católica. Albania tuvo prohibida toda actividad religiosa durante el período comunista, de modo que las distintas confesiones religiosas recién comenzaron a organizarse luego de la caída del muro de Berlín.

La iglesia ayudó a unos 20 mil refugiados en campamentos de refugiados, la ciudad de Tirana y otras 12 ciudades del interior del país. La mayoría de los refugiados se establecieron en campamentos, mientras que otros fueron a vivir con familias ortodoxas. La ayuda no se limitó a la entrega de víveres, sino que también incluyó el trabajo de los fieles ortodoxos con los refugiados. "Las mujeres se interesaron por la situación de numerosas familias, los jóvenes se organizaron para realizar actividades recreativas con los niños y también prestamos especial atención a los recién nacidos y sus madres. Alrededor de 300 bebés nacieron en los campamentos durante la guerra. Las madres fueron atendidas en los hospitales albaneses y las iglesias se encargaron de brindarles la ropa y los elementos necesarios para atender a los bebés", relató el arzobispo.

Atanasios reconoció que en un comienzo la tarea no era fácil, ya que los propios fieles ortodoxos temían no ser aceptados en campamentos poblados mayoritariamente por musulmanes. "Pero ahora vemos que esto ayudó a que nos aceptáramos mutuamente. No podemos permitir que la religión sea manipulada en nuestro país. Creo que parte del trabajo por la paz en nuestra región consiste en aceptar la diversidad étnica y religiosa que conforma la identidad de la sociedad en los Balcanes", agregó el arzobispo.