A l'origine du malaise, la difficulté des Eglises orthodoxes à se faire entendre au COE sur divers sujets, notamment l'ordination des femmes ou la sexualité. Le fossé entre orthodoxes et protestants est apparu au grand jour en mai 1998. Réunies à Thessalonique, les Eglises orthodoxes ont alors réclamé une refonte des structures du COE. Peu après, les Eglises orthodoxes de Géorgie et de Bulgarie ont quitté le COE.

Ces événements ont fait prendre conscience aux protestants qu'il fallait renouer le dialogue avec les orthodoxes. D'où la décision de créer une commission spécial composée de trente représentants des protestants et trente représentants des orthodoxes.

"Le COE est en plein renouveau" a déclaré Gabriel Habib, spécialiste des relations internationales auprès du Conseil national des Eglises américaines. Selon lui, le partenariat que nous avons pratiqué ces 50 dernières années doit évoluer, et nous devons adapter nos méthodes de travail. Il souhaite vivement que les Eglises orthodoxes prennent une part active au COE pendant la durée du mandat de la commission spéciale.